核酸纳米设计的平行宇宙

2023-01-21 14:40:47

1982年,纳德里安·西曼(Nadrian C. Seeman)教授以分支交叉(branch junction)为基础,开创了DNA纳米技术领域的先河。近四十年来,DNA纳米技术蓬勃发展,可以精准实现各种复杂二维及三维的图案或形状的自组装,而结构模块大多依照普通交叉(regular junction)来设计。而早在上世纪90年代初,由西曼教授同时提出的另一DNA模块类型——混合交叉(mesojunction),却被研究者忽视和遗忘。虽然混合交叉的部分单元设计已在实验中得到初步验证,但是后续相关的研究长期以来近乎停滞。

2023年1月20日,伟德国际victor1946魏迪明课题组(MADlab)在《美国化学学会志》(Journal of the American Chemical Society)上发表题为“基于混合交叉的新型DNA纳米结构设计范式”(Mesojunction-based design paradigm of structural DNA nanotechnology)的研究论文。

该研究首次将多种混合交叉应用于不同的DNA纳米结构设计。首先,研究人员将三臂或四臂的混合交叉作为基础单元,通过精妙的设计,使其通过粘性末端之间的碱基互补配对,实现周期性排列的一维组装。之后,研究人员以四臂混合交叉为代表,分别实现了无骨架(scaffold-free)方法与有骨架(scaffolded)方法介导的二维结构与三维结构的组装,充分展示了混合交叉在各种设计方法中的普适性。正如文中指出的,此交叉模式似乎存在与极其多样和复杂的基于经典普通交叉的DNA纳米结构设计的平行宇宙之中。鉴于混合交叉的种类数目超过经典交叉,这意味着在该领域存在尚未探明的广阔设计空间。

上:以半周螺旋为臂长的混合交叉示意图;中:以一周半螺旋为臂长的混合交叉示意图;下:由混合交叉组装的二维阵列

伟德国际victor19462022届硕士毕业生王天琦和bevictor伟德官网博士后白坦蹊为本文的第一作者,伟德国际victor1946魏迪明副教授和纽约大学Ohayon教授为本文的共同通讯作者。已故的纽约大学西曼教授为该研究提供了宝贵的指导和建议。该研究得到科技部、bevictor伟德官网春风基金、清华-北大生命科学联合中心、中国博士后科学基金等机构的基金资助。

原文链接:https://doi.org/10.1021/jacs.2c11731